Bedrijven registreren per toepassing hun verbruik met betrekking tot gewasbeschermingsmiddelen en meststoffen in de MPS-registratieomgeving. Daarnaast wordt het verbruik geregistreerd met betrekking tot energie, water en afval en wordt aangegeven waar, wanneer en hoeveel uitgangsmateriaal er is ingekocht. Per thema zijn er punten te behalen. Op basis van het totale aantal punten krijgt een bedrijf een MPS-kwalificatie: A+, A, B of C, waarbij A+ de hoogst haalbare kwalificatie is.
In totaal zijn er 110 punten te behalen. Na dertien aaneengesloten periodes (vier kwartalen) geregistreerd te hebben, wordt tijdens een bedrijfsaudit de registratie gecontroleerd en stelt een onafhankelijke certificerende instelling de certificering vast. Hierna volgt de eerste MPS-ABC kwalificatie, welke één keer per kwartaal opnieuw wordt berekend.
